| 民國93年(2004年) |
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1月
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28日，本校與宜蘭縣政府簽訂合作備忘錄。
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2月
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25日，本校頒授李遠哲院長榮譽理學博士學位。
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2月
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29日，本校與宜蘭縣政府簽署宜蘭生物醫學科技園區共同開發意向書。 |
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4月
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20日，93年度傑出校友遴選委員會經開會評審後遴選出本校第一屆傑出校友共五人，分別為行政類張鴻仁、徐永年；學術類鄭宏志、謝世良；服務類連加恩。 |
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5月
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27日，本校及國衛院參與之國際定序團隊，宣佈完成黑猩猩第22號染色體定序。
31日，本校與台北市政府衛生局簽訂建教合作合約。 |
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7月
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15日，台灣聯合大學系統、國立中央大學、國立交通大學、國立清華大學及國立陽明大學共同舉辦台灣聯合大學系統成果發表暨記者招待會。 |
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增設環境衛生研究所博士班。
寄生蟲學研究所更名為「熱帶醫學研究所」。
醫事技術學系更名為「醫事生物技術暨檢驗學系」 。
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11月
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吳妍華校長蟬連本校第五任校長。 |
| 民國92年(2003年) |
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3月
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6~8日，台灣聯合大學系統舉行腦科學研究中心成立大會暨學術研討會。 |
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7月
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醫學院醫學系首度辦理外籍學生招生，名額2名。
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8月
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增設生物藥學研究所博士班。
增設護理學研究所博士班。
增設生物資訊研究所碩士班及博士班。
增設急重症醫學研究所碩士班。
微生物及免疫學研究所與中央研究院合作成立分子醫學學程。
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12月
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本校頒授吳成文院士榮譽博士學位。 |
| 民國91年(2002年) |
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1月
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清華、交通、中央，及陽明四校大學系統第二次評估小組會議決議，大學系統名稱訂為「台灣聯合大學系統」，簡稱「台灣聯大」，英文名稱為University System of Taiwan，簡寫為UST。
校務會議同意取消公共衛生學院籌備處與公共衛生學院籌備處主任之設置，並通過申請設立藥物科學院。
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3月
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13日，本校90學年度第二學期臨時校務會議通過四校共組「台灣聯合大學系統」構想書及意願書。 |
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3月
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24日，四校假陽明表演廳舉行簽署共組「台灣聯合大學系統」意願書典禮及記者招待會。 |
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5月
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29日，本校與台北藝術大學、政治大學三校舉行學術合作簽署典禮及記者招待會。 |
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8月
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增設口腔生物研究所博士班。
增設放射醫學科學研究所博士班。
增設生醫光電工程研究所碩士班。
藥理學研究所由生命科學院歸屬醫學院。
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10月
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護理系進修學士班奉准自92學年度起停招。 |
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11月
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21日，本校與台北巿政府合作成立之「基因體學研究暨發展中心」舉行開幕儀式，同時簽訂「共同推動生物醫藥科技產業發展合作意願書」及「建教合作合約」等二份合約書。 |
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11月
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22日，舉辦第六屆海峽兩岸暨香港地區醫學教育研討會。
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| 民國90年(2001年) |
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2月
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13日，全球最大獨立軟體公司之一，Sybase捐贈百萬美元軟體協助本校建置資料，並於麗晶酒店舉行捐贈記者會。 |
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2月
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14日，「陽明電子報」創刊。 |
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3月
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7日，本校與交通大學簽訂合併意願書。 |
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4月
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本校與台北榮民總醫院及國衛院共同召開記者會，宣布參與國際黑猩猩基因體研究計畫。 |
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4月
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16日，教育部醫學教育評鑑委員會（TMAC）蒞臨本校進行為期四天之評鑑會議。 |
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6月
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校務會議通過同意研究發展室擴展為研究發展處，並增設研發長。 |
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8月
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增設醫學生物技術研究所博士班、復健科技輔具研究所碩士班。
增設臨床醫學研究所碩士在職專班。
醫務管理研究所碩士在職專班開始招生。
臨床牙醫科學研究所碩士班、牙醫科學研究所博士班合併更名為「臨床牙醫學研究所」。 |
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10月
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6日，陽明大學文化生活廣場開幕。 |
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11月
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吳妍華代理校長經遴選正式接任本校第四任校長。 |
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12月
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中央、交通、清華、陽明四大學校長研商齊組聯合大學系統，以配合教育部推動高等教育整合政策。 |
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