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教學單位
醫學院
醫學系 臨床醫學研究所 傳統醫藥研究所 公共衛生研究所 醫務管理研究所 衛生福利研究所 環境與職業衛生研究所 生物醫學資訊研究所(與生命科學院合設) 生理學研究所 藥理學研究所 解剖學及細胞生物學研究所 急重症醫學研究所 腦科學研究所 國際衛生碩士學位學程 轉譯醫學博士學位學程 公共衛生碩士學位學程 環境科技博士學位學程(台灣聯合大學系統)
生物醫學暨工程學院
醫學生物技術暨檢驗學系 生物醫學影像暨放射科學系 物理治療暨輔助科技學系 生物醫學工程學系 生醫光電研究所 生醫光電暨奈米科學學士學位學程(與生命科學院合辦) 光電博士學位學程(台灣聯合大學系統)
生命科學院
生命科學系暨基因體科學研究所 神經科學研究所 微生物及免疫學研究所 生化暨分子生物研究所 生物醫學資訊研究所(與醫學院合設) 分子醫學博士學位學程 跨領域神經科學國際研究生博士學位學程 跨領域神經科學博士學位學程(台灣聯合大學系統) 生技醫療經營管理碩士在職學位學程
護理學院
護理學系 臨床護理研究所 社區健康照護研究所
牙醫學院
牙醫學系 口腔生物研究所
藥物科學院
生物藥學研究所 藥學系 食品安全及健康風險評估研究所
人文與社會科學院
科技與社會研究所 心智哲學研究所 視覺文化研究所 亞際文化研究國際碩士學位學程(台灣聯合大學系統) 人文與社會教育中心
學士班大一大二不分系
共同教育中心