| 民國89年(2000年) |
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3月
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教育部核撥西安街之學產地予本校使用。 |
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榮陽團隊公佈完成第四號染色體千萬鹼基定序。
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6月8日
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陳水扁總統暨夫人以畢業生家長身分蒞校參加89學年度畢業典禮。
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6月9日
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曾志朗校長榮任教育部部長，校長職務由教務長吳妍華代理。
校務會議通過本校與清華、交通、國衛院推動大學系統及聯合醫學中心案。
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8月
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增設牙醫學院。
增設臨床牙醫科學研究所博士班。
增設物理治療、衛生資訊與決策研究所碩士班。
增設醫務管理研究所碩士在職專班﹝報奉延後一年招生﹞。
解剖學研究所更名為「解剖暨細胞生物學研究所」。
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本校與奇美醫學中心成立「奇陽癌症基因體研究團隊」，以台灣本土特有的口腔癌、膀胱癌、腦瘤作為研究對象，找尋基因與癌症之關係。 |
| 民國88年(1999年) |
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3月
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本校主辦第三屆「海峽兩岸暨香港地區醫學教育研討會」，會議自7日起展開為期七天，共有136名代表出席。第一屆會議於1996年在長江三峽，第二屆會議於1997年在香港舉辦。 |
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7月
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張心湜校長任期屆滿卸任，由曾志朗副校長接任本校第三任校長。 |
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8月
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醫學系增設家庭醫學科。
「護理學系進修教育學士班」修正為「護理學系進修學士班」。
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10月
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研究發展室成立。
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12月
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教育部核定本校「人腦探索計畫──從基因到認知研究」及「邁向21世紀──以基因體為基礎的生物醫學研究」二項卓越計畫全數通過。
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本校生命科學院、醫學院及台北榮總教研部的榮陽團隊，公佈第四號染色體百萬鹼基序列。 |
| 民國87年(1998年) |
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1月
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校務會議通過「國立陽明大學榮譽博士學位授與辦法」。 |
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3月26日
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本校與力霸集團策略聯盟設立「生技製藥科研中心」，並正式簽訂「合作同意書」。 |
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4月16日
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創新育成中心成立。 |
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4月30日
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頒授新光醫院創辦人吳東進先生「榮譽醫學博士學位」。 |
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7月
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聘請台北榮民總醫院院長張茂松為臨床副校長。
愛滋病防治與研究中心成立，為國內首創亦是唯一的愛滋病研究中心。
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增設傳統醫藥研究所博士班。
增設寄生蟲學研究所博士班。
增設環境衛生研究所碩士班。
增設放射醫學科學碩士班。
醫事技術學系放射技術組更名為「醫學放射技術學系」。
醫事技術學系醫事檢驗組更名為「醫事技術學系」。
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頒授柏林自由大學醫學院外科董良知教授「榮譽醫學博士學位」。 |
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醫學系教改小組成立。 |
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12月
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陽明大學教師會成立。 |
| 民國86年(1997年) |
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3月
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成立醫學工程研究中心。
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4月
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本校為促進建教合作，落實國家經濟及科技發展，推展產、官、學合作業務，乃依據「教育部建教合作實施辦法」訂定「國立陽明大學建教合作實施辦法」，並於23日之八十五學年度第四次行政會議通過。 |
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8月
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聘請曾志朗教授擔任本校副校長兼通識教育中心主任。
藥理學研究所改隸生命科學院。
醫學系神經精神病學科二分為神經學科及精神學科。
夜間部護理學系轉型為「護理學系進修推廣教育學士班」，後修正為「護理學系進修教育學士班」。
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| 民國85年(1996年) |
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1月
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本校邀請大陸14所重點醫科大學校長來台進行交流，7日於本校舉行醫學教育座談會。本校並與北京醫科大學簽署學術交流備忘錄。
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3月
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成立免疫學研究中心、社區醫學研究中心、細胞暨分子生物學研究中心、社區護理示範中心。 |
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3月27日
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解剖科首次舉行慰靈公祭，由韓校長主祭，台北市長陳水扁亦蒞校出席。
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6月
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韓韶華校長任期屆滿，醫學院張心湜院長接任第二任校長，同時亦為本校首位遴選校長。29日，舉行新舊任校長交接典禮，由教育部長吳京監交。 |
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6月29日
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學術發展委員會舉辦首屆碩博士畢業論文暨學術論文研討會。 |
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增設護理學院。
增設生命科學系。
增設公共衛生研究所博士班。
醫學系增設泌尿學科。
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10月
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電子計算機中心更名為「資訊與通訊中心」。 |
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牙醫系慶祝成立廿周年紀念。
護理學系慶祝成立十周年。
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| 民國84年(1995年) |
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敦聘徐明達教授擔任本校生命科學院首任院長。
敦聘吳國海教授擔任本校醫事技術學院首任院長。
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4月
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本校校園規劃榮獲「第一屆臺北市都市設計獎」優等獎。
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4月21日
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由總統府製發，教育部轉發之本校印信「國立陽明大學印」正式啟用。 |
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5月
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本校成立廿周年，以「歡鑼喜鼓慶雙十，風姿千萬新大學」為題展開各項慶祝活動。同時出版「陽明二十年」紀念專集，留下陽明的歷史記錄。
校友會因應建校廿周年，舉辦「校友回娘家」活動。
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校長遴選辦法定案。 |
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8月
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「醫事技術學院」更名為「醫學技術暨工程學院」。
增設神經科學研究所博士班。
增設醫學生物技術研究所碩士班。
醫學系增設急診醫學科。
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9月3日
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本校愛杏社管弦樂團首次前往北京，分別在北京醫科大學、清華大學與北京大學舉辦三場演奏會，並進行交流訪問。 |
| 民國83年(1994年) |
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1月
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醫學系學會主辦「第二屆中華民國醫學生年會」。 |
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3月
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本校「教師聯誼會」成立。
護理館落成啟用。
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5月
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《陽明人報》於9日至13日策劃舉辦「臺灣近代醫學史展」。 |
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5月10日
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為慶祝19周年院慶，醫學系邀請中研院李遠哲院長蒞臨演講「如何廣博大學生的世界觀」。 |
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6月
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配合新大學法公布實施及本學院奉准改名大學，由校務發展委員會研擬「國立陽明大學組織規程草案」，經15日院務會議討論後，修正通過。 |
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7月1日
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本校正式改名為「國立陽明大學」，是國內第一所以醫學教育為宗旨的大學，暫設醫學院、醫事技術、生命科學等三個學院及通識教育中心。
本校通識教育中心與清華大學、臺灣大學、元智工學院，被教育部遴選為第一期通識教育改進計畫試辦學校。
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8月
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教育部聘請韓韶華教授擔任「國立陽明大學」首任校長。
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原「訓導處」更名為「學生事務處」。原隸屬於訓導處下之「體育組」亦改為教學單位「體育室」；另設立有「學生事務會議」及「學生申訴評議委員會」。
牙醫學院籌備處成立。
護理學院籌備處成立。
公共衛生學院籌備處成立。
增設生物藥學研究所碩士班。
增設寄生蟲研究所碩士班 。
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本校舉行改制慶祝大會，會中特邀李總統登輝先生致辭。並以「脈絡相承，兼容並蓄」為主題，邀請錢煦院士、李鎮源院士、羅光瑞教授、羅時成教授、陳五福醫師與簡志龍醫師作專題演講。 |
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11月
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敦聘榮民總醫院彭芳谷院長擔任本校首任副校長。
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12月
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敦聘張心湜教授擔任醫學院院長，為本校第一位經遴選而產生的院長。 |
| 民國82年(1993年) |
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台北郵局在本校校區內設立郵局，開始營運。
醫事技術學系舉辦第一屆授證典禮。
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8月
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本校獲准成立國家衛生研究院研究室，分別為韓韶華院長之「免疫疾病群體研究室」、魏耀揮教授之「粒線體疾病研究室」，及藍忠孚教授之「衛生政策與經濟研究室」。
增設社區護理研究所碩士班。
增設口腔生物研究所碩士班。
護理學系「在職護理人員學士學位進修班」停招；增設夜間部護理系。
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陽明校友會召開成立大會，成為一正式的人民團體。
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11月24日
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醫學系創辦臨床導師制度，假台北榮總致德樓舉行「傳心．傳薪──醫學系第一屆臨床導師啟業典禮」。
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| 民國81年(1992年) |
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3月18日
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學校行政會議通過「國立陽明醫學院校園規劃及營建委員會組織章程」，成為常設組織。 |
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5月
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16日，醫學系首度為醫五同學舉行「加袍典禮」。
28日，牙醫學系舉行第1屆「加袍授證典禮」。 |
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6月15日
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復健醫學系首次為即將進入醫院實習的三年級同學舉行「授證典禮」。 |
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7月
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由勵青社主辦的「全國高中生醫學營」首次在本校展開。
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8月
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增設藥理學研究所博士班。
增設遺傳學研究所博士班。
增設衛生福利研究所碩士班。
增設牙醫科學研究所碩士班。
增設臨床護理研究所碩士班。
復健醫學系更名為物理治療學系。
醫學系為加強與學生溝通連繫，增設副系主任，由本校第一屆校友郭旭崧擔任。
醫學系招收自費生，名額增加為40名。
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9月
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本校與振興醫院及新光醫院分別簽署為期三年及兩年的建教合作合約。
第二教學大樓落成啟用。
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「石牌醫學通訊」週刊創刊發行。 |
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國立陽明醫學院研究生協會」成立。 |
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為配合世界愛滋病週，本院、預防醫學學會以及基金會共同舉行「為愛滋而走」募款活動。 |
| 民國80年(1991年) |
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增設生理學研究所博士班。
增設醫學工程研究所博士班。
增設傳統醫藥研究所碩士班，為我國國立大學醫學院中，第一所專門從事傳統醫學（中醫藥）教育及研究之機構。
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12月20日
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「陽明人報」創刊。
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